La recombinación que tiene lugar entre regiones de ADN homólogas, es decir, entre regiones que son en gran parte o completamente complementarias en cuanto a secuencia nucleótida, que da como resultado el corte y empalme de las hebras de ADN paterno en puntos específicos, es conocida como la recombinación específica de sitio. Estas recombinaciones específicas de sitio son muy frecuentes en la naturaleza y dan lugar a reordenamientos en el ADN de muchos genes, conocidos como transposiciones. Los elementos transponibles o "genes saltadores" son capaces de moverse de un cromosoma a otro o a un lugar diferente dentro del mismo cromosoma. Los elementos transponibles, conocidos también como transposones, pueden modificar la expresión génica e introducir por lo tanto un elemento sustancial de flexibilidad genética en los genomas eucarióticos. Esta flexibilidad pone en cuestión el punto de vista tradicional que asocia un gen específico con un cromosoma particular.
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